pwem package

Subpackages

• pwem.convert package
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• pwem.emlib package
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    • pwem.emlib.metadata package
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    • pwem.emlib.lib module
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• pwem.objects package
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  • Subpackages
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  • Submodules
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    • pwem.protocols.protocol module
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    • pwem.protocols.protocol_3d module
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    • pwem.protocols.protocol_alignment_assign module
    • pwem.protocols.protocol_alignment_invertHand module
    • pwem.protocols.protocol_batch module
    • pwem.protocols.protocol_classes_consensus module
    • pwem.protocols.protocol_create_stream_data module
    • pwem.protocols.protocol_ctf_assign module
    • pwem.protocols.protocol_extract_coordinates module
    • pwem.protocols.protocol_metadata_editor module
    • pwem.protocols.protocol_micrographs module
    • pwem.protocols.protocol_movies module
    • pwem.protocols.protocol_origin_sampling_volume module
    • pwem.protocols.protocol_particles module
    • pwem.protocols.protocol_particles_picking module
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    • pwem.protocols.protocol_tests module
    • pwem.protocols.protocol_tiltpairs module
  • Module contents
• pwem.viewers package
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    • pwem.viewers.filehandlers module
    • pwem.viewers.plotter module
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    • pwem.viewers.viewer_chimera module
    • pwem.viewers.viewer_fsc module
    • pwem.viewers.viewer_localres module
    • pwem.viewers.viewer_pdf module
    • pwem.viewers.viewer_sequence module
    • pwem.viewers.viewer_vmd module
    • pwem.viewers.viewer_volumes module
    • pwem.viewers.viewers_data module
    • pwem.viewers.viewers_protocols module
    • pwem.viewers.views module
  • Module contents
• pwem.wizards package
  • Submodules
    • pwem.wizards.wizard module
    • pwem.wizards.wizards module
  • Module contents

Submodules

• pwem.bibtex module
• pwem.constants module
• pwem.utils module

Module contents

This modules contains classes related with EM

class pwem.Config

Bases: pyworkflow.config.Config

CHIMERA_HOME = '/home/buildbot/devel/scipion/software/em/chimerax-1.1'

CUDA_BIN = '/usr/local/cuda/bin'

CUDA_LIB = '/usr/local/cuda/lib64'

EM_ROOT = '/home/buildbot/devel/scipion/software/em'

JAVA_HOME = ''

JAVA_MAX_MEMORY = '2'

MPI_BINDIR = '/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/bin'

MPI_LIBDIR = '/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/lib'

XMIPP_HOME = '/home/buildbot/devel/scipion/software/em/xmipp'

class pwem.Domain

Bases: pyworkflow.plugin.Domain

class pwem.Plugin

Bases: pyworkflow.plugin.Plugin

classmethod defineBinaries(env)

Define required binaries in the given Environment.

classmethod defineBinariesMaxit(default, env)

classmethod getMaxitBin()

classmethod getMaxitHome()