pwem package

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    • pwem.protocols.protocol_metadata_editor module
    • pwem.protocols.protocol_micrographs module
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• pwem.viewers package
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    • pwem.viewers.viewers_protocols module
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  • Module contents
• pwem.wizards package
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      • Module contents
  • Submodules
    • pwem.wizards.wizard module
    • pwem.wizards.wizards module
  • Module contents

Submodules

• pwem.bibtex module
• pwem.constants module
• pwem.utils module

Module contents

This modules contains classes related with EM

class pwem.Config

Bases: pyworkflow.config.Config

CHIMERA_HOME = '/home/buildbot/devel/scipion/software/em/chimerax-1.1'

CUDA_BIN = '/usr/local/cuda/bin'

CUDA_LIB = '/usr/local/cuda/lib64'

EM_ROOT = '/home/buildbot/devel/scipion/software/em'

JAVA_HOME = ''

JAVA_MAX_MEMORY = '2'

MPI_BINDIR = '/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/bin'

MPI_LIBDIR = '/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/lib'

XMIPP_HOME = '/home/buildbot/devel/scipion/software/em/xmipp'

class pwem.Domain

Bases: pyworkflow.plugin.Domain

class pwem.Plugin

Bases: pyworkflow.plugin.Plugin

classmethod defineBinaries(env)

Define required binaries in the given Environment.

classmethod defineBinariesMaxit(default, env)

classmethod getMaxitBin()

classmethod getMaxitHome()