pwem package

Subpackages

• pwem.convert package
  • Submodules
    • pwem.convert.atom_struct module
    • pwem.convert.headers module
    • pwem.convert.sequence module
    • pwem.convert.symmetry module
    • pwem.convert.transformations module
      • Requirements
    • pwem.convert.utils module
  • Module contents
• pwem.emlib package
  • Subpackages
    • pwem.emlib.image package
      • Submodules
        • pwem.emlib.image.image_handler module
      • Module contents
    • pwem.emlib.metadata package
      • Submodules
        • pwem.emlib.metadata.utils module
      • Module contents
  • Submodules
    • pwem.emlib.lib module
  • Module contents
• pwem.objects package
  • Submodules
    • pwem.objects.data module
    • pwem.objects.data_tiltpairs module
  • Module contents
• pwem.protocols package
  • Subpackages
    • pwem.protocols.protocol_export package
      • Submodules
        • pwem.protocols.protocol_export.protocol_export_DB module
      • Module contents
    • pwem.protocols.protocol_import package
      • Submodules
        • pwem.protocols.protocol_import.base module
        • pwem.protocols.protocol_import.coordinates module
        • pwem.protocols.protocol_import.ctfs module
        • pwem.protocols.protocol_import.dataimport module
        • pwem.protocols.protocol_import.images module
        • pwem.protocols.protocol_import.masks module
        • pwem.protocols.protocol_import.micrographs module
        • pwem.protocols.protocol_import.particles module
        • pwem.protocols.protocol_import.sequence module
        • pwem.protocols.protocol_import.volumes module
      • Module contents
  • Submodules
    • pwem.protocols.parallel module
    • pwem.protocols.protocol module
    • pwem.protocols.protocol_2d module
    • pwem.protocols.protocol_3d module
    • pwem.protocols.protocol_align_movies module
    • pwem.protocols.protocol_alignment_assign module
    • pwem.protocols.protocol_alignment_invertHand module
    • pwem.protocols.protocol_batch module
    • pwem.protocols.protocol_classes_selector module
    • pwem.protocols.protocol_create_stream_data module
    • pwem.protocols.protocol_ctf_assign module
    • pwem.protocols.protocol_extract_coordinates module
    • pwem.protocols.protocol_micrographs module
    • pwem.protocols.protocol_movie_eraser module
    • pwem.protocols.protocol_movies module
    • pwem.protocols.protocol_origin_sampling_volume module
    • pwem.protocols.protocol_particles module
    • pwem.protocols.protocol_particles_picking module
    • pwem.protocols.protocol_pdf_report module
    • pwem.protocols.protocol_set_editor module
    • pwem.protocols.protocol_set_filter module
    • pwem.protocols.protocol_sets module
    • pwem.protocols.protocol_tests module
    • pwem.protocols.protocol_tiltpairs module
  • Module contents
• pwem.viewers package
  • Submodules
    • pwem.viewers.filehandlers module
    • pwem.viewers.plotter module
    • pwem.viewers.showj module
    • pwem.viewers.viewer_base module
    • pwem.viewers.viewer_chimera module
    • pwem.viewers.viewer_fsc module
    • pwem.viewers.viewer_localres module
    • pwem.viewers.viewer_pdf module
    • pwem.viewers.viewer_sequence module
    • pwem.viewers.viewer_vmd module
    • pwem.viewers.viewer_volumes module
    • pwem.viewers.viewers_data module
    • pwem.viewers.viewers_protocols module
    • pwem.viewers.views module
  • Module contents
• pwem.wizards package
  • Subpackages
    • pwem.wizards.wizards_3d package
      • Submodules
        • pwem.wizards.wizards_3d.callbacks module
        • pwem.wizards.wizards_3d.mask_structure_wizard module
        • pwem.wizards.wizards_3d.mask_volume_wizard module
      • Module contents
  • Submodules
    • pwem.wizards.wizard module
    • pwem.wizards.wizards module
  • Module contents

Submodules

• pwem.bibtex module
• pwem.constants module
• pwem.utils module

Module contents

This modules contains classes related with EM

class pwem.Config

Bases: pyworkflow.config.Config

CUDA_BIN = '/usr/local/cuda/bin'

CUDA_LIB = '/usr/local/cuda/lib64'

EM_ROOT = '/home/buildbot/devel/scipion/software/em'

JAVA_HOME = ''

JAVA_MAX_MEMORY = '4'

MPI_BINDIR = '/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/bin'

MPI_LIBDIR = '/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/lib'

XMIPP_HOME = '/home/buildbot/devel/scipion/software/em/xmipp'

class pwem.Domain

Bases: pyworkflow.plugin.Domain

class pwem.Plugin

Bases: pyworkflow.plugin.Plugin

classmethod defineBinaries(env)

Define required binaries in the given Environment.

classmethod defineBinariesMaxit(default, env)

classmethod getMaxitBin()

classmethod getMaxitHome()