cryosparc2 package

Subpackages

• cryosparc2.convert package
  • Submodules
    • cryosparc2.convert.convert module
  • Module contents
• cryosparc2.protocols package
  • Submodules
    • cryosparc2.protocols.protocol_base module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryorefine module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc2d module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_3D_classification module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_ab module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_global_ctf_refinement module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_helical_refinement module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_homogeneous_reconstruction module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_homogeneous_refine module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_local_ctf_refinement module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_naive_local_refine module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_new_3D_classification module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_new_local_refine module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_new_nonuniform_refine module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_nonuniform_refine module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_part_subtract module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_sharppening module
    • cryosparc2.protocols.protocol_cryosparc_symmetry_expansion module
  • Module contents
• cryosparc2.viewers package
  • Submodules
    • cryosparc2.viewers.viewer_2Dclassify module
    • cryosparc2.viewers.viewer_initialmodel module
    • cryosparc2.viewers.viewer_partsubtract module
    • cryosparc2.viewers.viewer_refinement module
  • Module contents

Submodules

• cryosparc2.bibtex module
• cryosparc2.constants module
• cryosparc2.utils module
• cryosparc2.wizards module

Module contents

class cryosparc2.Plugin

Bases: pwem.Plugin

classmethod defineBinaries(env)

Define required binaries in the given Environment.

classmethod getEnviron()

Setup the environment variables needed to launch cryoSparc.