tomo package

Subpackages

• tomo.convert package
  • Module contents
• tomo.protocols package
  • Submodules
    • tomo.protocols.protocol_alignment_assign_subtomo module
    • tomo.protocols.protocol_assignTransformationTS module
    • tomo.protocols.protocol_assign_tomo2subtomo module
    • tomo.protocols.protocol_base module
    • tomo.protocols.protocol_extract_coordinates module
    • tomo.protocols.protocol_import_coordinates module
    • tomo.protocols.protocol_import_subtomograms module
    • tomo.protocols.protocol_import_tomograms module
    • tomo.protocols.protocol_particle_pick_consensus module
    • tomo.protocols.protocol_particle_pick_remove_duplicates module
    • tomo.protocols.protocol_ts_base module
    • tomo.protocols.protocol_ts_correct_motion module
    • tomo.protocols.protocol_ts_estimate_ctf module
    • tomo.protocols.protocol_ts_import module
  • Module contents
• tomo.viewers package
  • Submodules
    • tomo.viewers.viewer_tomograms module
    • tomo.viewers.viewers_data module
    • tomo.viewers.views module
    • tomo.viewers.views_tkinter_tree module
  • Module contents

Submodules

• tomo.objects module
• tomo.utils module

Module contents

class tomo.Plugin

Bases: pwem.Plugin

classmethod getEnviron()

Setup the environment variables needed to launch programs.